Al fundarse la Liga Venezolana de Beisbol Profesional en 1946, Magallanes gana el primer juego celebrado en la Liga, venciendo al Venezuela el 12 de enero con score de 5 a 2. El equipo se apunta la primera carrera anotada en la pelota rentada por Luis Aparicio Ortega, el primer boleto recibido en el beisbol profesional, por Vidal López, y el primer lanzador en obtener un triunfo, Alejandro Carrasquel.

Más adelante, Quincy Troupe dispara el primer cuadrangular del club y Vidal López el primero como bateador emergente. Al final de la campaña algunos magallaneros atrapan lideratos individuales, como "Chucho Ramos", líder en hits con 49 y en anotadas con 30. Mientras, Pablo García se coronó monarca entre los bateadores con promedio de .403 puntos luego de 31 imparables en 77 visitas al plato.

En 1969-70, gana el campeonato y su primera Serie del Caribe, la primera para un club en Venezuela, triunfo que repiten en 1979, en Puerto Rico. Sus grandes figuras han sido Vidal López, Luis "Camaleón" García, Jesús Ramos, Gustavo Gíl, Dámaso Blanco y en épocas recientes Edgardo Alfonzo, Alvaro Espinoza, Luis Raven, Melvin Mora,. Su rivalidad con Caracas es histórica y marca la gran pasión beisbolera

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